Her tedavi yönteminde olduğu gibi aşılamanın da kendine ait riskleri söz konusudur. Enfeksiyon özellikle dikkat edilmesi gereken bir noktadır. İşlemin steril koşullarda yapılması idealdir ve sonrasında doktorunuz antibiyotik vererek enfeksiyon olasılığını azaltmak isteyebilir. Aslında aşılama tedavisinde en çok çekinilen konu çoğul gebeliklerle karşılaşılması ve karında sıvı toplanmasıyla seyreden aşırı uyarılma yani hiperstimulasyon tablosunun ortaya çıkmasıdır.
Aşırı uyarılma tablosu geliştiğinde hastanın klinik durumu dikkatle izlenmelidir. Yumurtlama tedavisinin tek veya iki yumurta geliştirmeye yönelik düşük dozlarda yapılması, fazla yumurta geliştiğinde tedavinin gerekirse iptal edilmesi düşünülmelidir. İlaçsız birkaç gün bekletme (Coasting- sürükleme) tedavisiyle fazla yumurtaların bir kısmı körelerek çoğul gebelik ve aşırı cevap sendromu riski kısmen de olsa azaltılabilir. Kan hormon seviyelerinin ölçülerek ve 1500 pg/ml üzerindeki değerlerde iptal veya coasting kararı vermek gerekebilir. Aşırı uyarılma gerçekleşirse kliniğin ağırlığına göre tedavi belirlenir , kan sulandırma iğneleri verilip istirahat önerilir, cinsel ilişki ve aşırı aktiviteler kısıtlanır ,beslenme ve sıvı alımı düzenlenir , karın içinde fazla sıvı toplanması durumunda hastaneye yatırılıp takiplere devam edilir.Ancak tüm bu anlatılan riskler tecrübeli merkezlerde aşılama tedavilerinde % 1-2 oranında görülmekte , genellikle başarıyla uygulanmaktadır.
